Начало вооруженного конфликта не влечет за собой автоматическое приостановление действия ППЧ. Несмотря на то, что МГП и ППЧ представляют собой два самостоятельных правопорядка, в условиях войны применяются оба – с целью обеспечить максимально возможную защиту жизни и достоинства человека. Оба правопорядка разнятся в сфере своего применения – в частности, обращение к МГП обусловлено существованием вооруженного конфликта, в то время как применимость ППЧ зависит от наличия юрисдикции соответствующего государства. Принимая во внимание общее правило обусловленности обязательств по защите прав человека контролем над собственной территорией государства и его гражданами, международные суды и трибуналы, тем не менее, неоднократно подчеркивали возможность экстерриториального действия таких обязательств при наличии контроля над лицами, в отношении которых испрашивается защита – подобные ситуации возникают в военное время, к примеру, при оккупации территории противоборствующей стороны или содержании под стражей лиц, находящихся за пределами территориальной юрисдикции государства.
Несмотря на то, что МГП и ППЧ в ситуации вооруженного конфликта применяются одновременно, некоторые вопросы регулируются преимущественно одним из сводов норм: так, гарантии справедливого суда более тщательно разработаны в практике органов, осуществляющих контроль за исполнением обязательств в области прав человека. Запрет произвольного лишения права человека на жизнь продолжает действовать в военное время, однако критерии “произвольности” меняется в отношении комбатантов и определяются уже в МГП в качестве lex specialis – то есть, норм, более детально регулирующих применение насилия в отношении комбатантов в вооруженном конфликте.
В целом положения МГП и ППЧ в основе своей не вступают в противоречие: проистекающая из принципа гуманности. Третья статья, общая для четырех Женевских конвенций, закрепляет минимальные критерии защиты, обязательные для всех сторон в любом вооруженном конфликте и требует гуманного обращения с лицами, не принимающими непосредственного участия в военных действиях. Следовательно, даже в отсутствие обязательств, проистекающих из международных договоров в области защиты прав человека, защита базовых прав предусматривается и нормами МГП.